Paddington ontvangt een brief van zijn tante Lucy vanuit haar tehuis in Peru, dat zij hem heel erg mist. Vastberaden om haar te bezoeken, reist hij samen met de familie Brown naar Peru.

Daar ontmoeten ze kleurrijke figuren zoals de gitaar spelende Moeder Overste en de avontuurlijke kapitein Hunter. Hun reis brengt hen diep in het Amazone regenwoud en naar de toppen van de Andes. Onderweg trotseren ze uitdagingen en ontdekt Paddington bijzondere geheimen over zijn verleden.

De film Paddington in Peru draait in Alkmaar, Beverwijk, Castricum, Haarlem en Heerhugowaard